O criador de Mega Man, Dr. Light é acusado de uma rebelião robótica e Dr. Wily aparenta não ter nenhuma conexão, anunciando inclusive que precisa de doações para completar robôs por ele criado para combater os de Dr. Light. Mega Man precisa lutar para provar a inocência de seu criador e expôr as reais intenções de Wily.